La MISEN réunit les services de l'Etat et établissements publics intervenant dans les domaines de l'eau et de la nature. Elle structure et coordonne les actions de police de l'environnement dans le cadre d'un plan de contrôles annuel.

Le comité stratégique de la MISEN est présidé par le préfet des Côtes d’Armor et il se réunit au moins une fois par an pour établir le bilan des activités de l’année précédente et définir les orientations de l’année

 La MISEN coordonne les actions de police de l’environnement dans le cadre d'un plan de contrôle et de surveillance du territoire inter-services qui contribue ainsi à la préservation des ressources naturelles identifiées sur le territoire départemental.

Les objectifs principaux de la MISEN sont donc:

- d’atteindre le bon état des eaux défini par la directive cadre européenne sur l’eau

- de préserver la biodiversité à l’échelle du territoire des Côtes-d'Armor.

Dans ce contexte, le préfet des Côtes d’Armor a validé en 2023, le volet stratégique du PAOT (Plan d’Action Opérationnel Territorialisé) pour la période 2022-2027 qui décline des objectifs locaux prioritaires, comme la restauration de la continuité écologique et des zones humides ou encore la réduction des phénomènes d’eutrophisation littorale, la lutte contre les algues vertes, le traitement des eaux usées et la réduction des pollutions par les nitrates ;

Le PAOT est l’outil opérationnel de la MISEN pour la mise en œuvre du programme de mesures. Il a pour objet de :

1.  définir une liste d’actions identifiées de manière précise, priorisées et dimensionnées selon la durée du PAOT (3 ans) et sur lesquelles les membres de la MISEN doivent se mobiliser
2.  définir les modalités de coordination des membres de la MISEN nécessaires à la réalisation de ces actions, en identifiant notamment les pilotes des actions au sein de la MISEN et les leviers de leur réalisation.
3.  présenter l’action de la MISEN pour ses propres membres et auprès d’autres acteurs extérieurs.